История Варварино насчитывает почти 400 лет.
Впервые деревня Варварино на речке Варварке у реки Пахры, московского уезда упоминается в писцовых книгах 7135 и 7136 (1627 - 1628гг.) как вотчина братьев Чириковых, владевших деревней по купчей 7096 (1588) года.
С 1678 года деревня Варварино перешла во владение симбирского воеводы Ивана Богдановича Милославского за его активное участие в подавлении восстания под предводительством Степана Разина.
Сергей Иванович Милославский, стольник государей российских Ивана и Петра Романовых и родственник царя Ивана по материнской линии, получил Варварино в наследство от своей матери в 1686 году.
В 1689-1692 годах он построил в Варварино церковь Рождества Христова и село получило второе название - Рождественское.
При Петре I род Милославских потерял влияние и пресекся, усадьба сгорела, а Варварино и храм сохранились.
Во второй половине XVIII в., после ряда разделов, село Рождественское и деревня Варварино находились в совместном владении Николая Михайловича Милославского и Анны Никитичны Нарышкиной.
Впоследствии среди владельцев имения представители знаменитых российских фамилий: действительный тайный советник и кавалер Сергей Петрович Румянцев, княгиня Любовь Петровна Голицына.
В советское время на территории усадьбы находился пионерский лагерь.
В 2004 году здесь основан Эко-поселок Варварино.
В 2007 году на пожертвования варваринцев отреставрирована колокольня и началась реставрация основного здания Храма Рождества Христова.
В 2016 году усилия варваринцеы были поддержаны Мэрией Москвы и храм был включен в городскую программу реставрации.
В 2017 завершилась полная реставрация Храма Рождества Христова.
